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Mexstrain
Evolución molecular del SARS-CoV-2 en México

Introducción
Gracias al trabajo de diversos grupos de investigación a nivel internacional, la comunidad científica cuenta con varios miles de secuencias genómicas del SARS-CoV-2. Estas secuencias genómicas se encuentran depositadas en la base de datos GISAID (
https://www.gisaid.org). A partir de ellas, es posible comenzar a inferir la evolución del SARS-CoV-2.

La plataforma Nextstrain (
https://nextstrain.org) ofrece una serie de funciones que facilitan la visualización y análisis de los genomas secuenciados del SARS-CoV-2 (Hadfield et al. 2018). Entre otras cosas, la plataforma Nextstrain permite la visualización de: i) la evolución del coronavirus mediante el uso de filogenias calibradas en el tiempo; ii) mapas geográficos de transmisión del coronavirus; y iii) posiciones variables a lo largo del genoma. La visualización puede mostrar la evolución del coronavirus a nivel mundial o acotarse a una región determinada (por ejemplo, a un país).

El objetivo de esta página es ofrecer a la comunidad científica del país, un sitio en donde sea posible visualizar la evolución del SARS-CoV-2 en México a través de una versión local de Nextstrain: Mexstrain. Pretendemos también contextualizar la información derivada de Nextstrain con artículos de investigación y otras bases de datos especializadas en SARS-CoV-2 tales como
http://covid19.datamonkey.org/#.

¿Cómo construimos Mexstrain?
Uno de los retos más importantes para realizar un análisis filodinámico del SARS-CoV-2 es seleccionar las secuencias genómicas a analizar de entre las miles que se encuentran depositadas en GISAID. La solución que hemos encontrado en Mexstrain es utilizar las secuencias que se encuentran en la última versión de Nextstrain (https://nextstrain.org/ncov/global) y complementarla con los genomas muestreados en México. Para ello, utilizamos una serie de scripts en Perl que se encuentran disponibles en el portal de GitHub (https://github.com/luisdelaye/Mexstrain).

Visualiza Mexstrain
Para acceder a Mexstrain utiliza la siguiente liga: Mexstrain


 

Contacto
Dra. Angélica Cibrian Jaramillo (
angelica.cibrian@cinvestav.mx)
Dr. Luis José Delaye Arredondo (
luis.delaye@cinvestav.mx)


Referencias

Hadfield J, Megill C, Bell SM, Huddleston J, Potter B, Callender C, Sagulenko P, Bedford T, Neher RA. Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution. Bioinformatics. 2018 Dec 1;34(23):4121-4123. doi: 10.1093/bioinformatics/bty407.



 

 

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