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Mexstrain
Evolución molecular del SARS-CoV-2 en México

Introducción
Gracias al trabajo de diversos grupos de investigación a nivel internacional, la comunidad científica cuenta con varios miles de secuencias genómicas del SARS-CoV-2. Estas secuencias genómicas se encuentran depositadas en la base de datos GISAID (
https://www.gisaid.org). A partir de ellas, es posible comenzar a inferir la evolución del SARS-CoV-2.

El objetivo de esta página es ofrecer a la comunidad científica del país, un sitio en donde sea posible visualizar la evolución del SARS-CoV-2 en México. Para ello, utiliza la tecnología de Nextstrain y Microreact.

La plataforma Nextstrain (
https://nextstrain.org) ofrece una serie de funciones que facilitan la visualización y análisis de los genomas secuenciados del SARS-CoV-2. Entre otras cosas, la plataforma Nextstrain permite la visualización de: i) la evolución del coronavirus mediante el uso de filogenias calibradas en el tiempo; ii) mapas geográficos de transmisión del coronavirus; y iii) posiciones variables a lo largo del genoma. La visualización puede mostrar la evolución del coronavirus a nivel mundial o acotarse a una región determinada (por ejemplo, a un país). Por otro lado, la plataforma Microreact (https://microreact.org/showcase) permite visualizar la diversidad genética de la totalidad de genomas secuenciados del SARS-Cov-2 en México.

¿Cómo construimos Mexstrain?
Uno de los retos más importantes para realizar un análisis filodinámico del SARS-CoV-2 es seleccionar las secuencias genómicas a analizar de entre las miles que se encuentran depositadas en GISAID. La solución que hemos encontrado en Mexstrain es utilizar las secuencias que se encuentran en la última versión de Nextstrain (
https://nextstrain.org/ncov/global) y complementarla con los genomas muestreados en México. Para ello, utilizamos una serie de scripts en Perl que se encuentran disponibles en el portal de GitHub (https://github.com/luisdelaye/Mexstrain).

Visualiza Mexstrain
Última actualización: 31 de julio de 2021
Para acceder a Mexstrain utiliza la siguiente liga: Mexstrain

También puedes descargar el archivo json de la Mexstrain aquí. Simplemente descomprime el archivo y arrástralo al portal: https://auspice.us.

Nota: Para visualizar la evolución de las frecuencias de las variantes a lo largo del tiempo, utiliza la versión de Mexstrain en línea; y para visualizar la frecuencia de las variantes en la geografía nacional, utiliza el archivo json.

Puedes descargar también el archivo json de Mextrain aquí  asociado al manuscrito:

Barona-Gomez et al. Phylogenomics and population genomics of SARS-CoV-2 in Mexico during the pre-vaccination stage reveals variants of interest B.1.1.28.4, B.1.1.222 or B.1.1.519 and B.1.243 with mutations in the Spike protein and the Nucleocapsid. (
submited

Microreact
Visualiza la diversidad de SARS-CoV-2 en México con
Microreact

Para saber más
Puedes ver un video en donde describimos la plataforma
aquí  y leer un artículo aquí

Contacto
Dr. Luis José Delaye Arredondo 
(luis.delaye@cinvestav.mx)

 

 

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