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La Unidad Irapuato inició sus labores en octubre de 1981, respondiendo a un programa de descentralización del Cinvestav. Su ubicación en el Bajío Guanajuatense obedece a un cuidadoso estudio preliminar en el que se consideraron las perspectivas y medios para el desarrollo de los trabajos de investigación relacionados estrechamente con los problemas agroalimentarios del país.  En este aspecto se consideró el potencial agrícola del área, su ubicación geográfica, la vasta estructura académica de la región y de los estados circunvecinos, así como el desarrollo que han tenido éstos en aspectos de investigación. Acorde con los objetivos generales del Cinvestav, los objetivos de la Unidad son: Realizar investigación básica y aplicada de alta calidad, y formar personal altamente calificado, en este caso en el campo de la Biotecnología de Plantas. Así, al 31 de diciembre de 2015, la Unidad Irapuato ha graduado 288 Maestros en Ciencias y 278 Doctores en Ciencias para un total de 566 estudiantes en ambos programas.
 
Esta Unidad se ha caracterizado desde su inicio por dar un lugar importante a las investigaciones con potencial de generar resultados aplicables a corto, mediano y largo plazo. Asimismo, dentro de su desarrollo, se incluyen temas que inciden en los aspectos básicos de la biología molecular y de la ingeniería genética, cubriendo áreas de la bioquímica y la fisiología hasta llegar a las investigaciones más aplicadas del campo de la biotecnología.
 
Durante las diferentes fases de su desarrollo, la Unidad Irapuato ha puesto especial interés en establecer un intenso intercambio académico, tecnológico y científico, no sólo con múltiples instituciones de la región sino también con muchas otras a nivel nacional e internacional, que le ha permitido mantener una posición de vanguardia en sus áreas de trabajo.
 
En 2014 se marcó una nueva etapa, con la firma de una Sociedad Civil entre Cinvestav y el Parque de Innovación AgroBiotec, estimula su vinculación con empresas y que abre para Cinvestav, pero particularmente para la Unidad Irapuato, nuevas posibilidades de incidir en aspectos de Bionegocios.
 
Uno de los frutos de la Unidad Irapuato se consolidó en abril de 2005 con la firma del convenio para la creación del Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad Vegetal y Microbiana (Langebio). El convenio fue firmado por los titulares de las Secretarías de Educación Pública (SEP) y de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación (SAGARPA), del Gobierno del Estado de Guanajuato, del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Conacyt) y del Cinvestav. Posteriormente la Dirección de Zacatenco decidió dar carácter de Unidad a Langebio, llamándola Unidad de Genómica Avanzada, pero se mantiene su administración en la Unidad Irapuato hasta el 31 de diciembre de 2015. 
 
ORGANIZACIÓN INTERNA
 
DIRECCIÓN
 
Dra. Gabriela Olmedo Alvarez Directora 
Dr. Reynaldo Ariel Álvarez Morales Secretario Académico 
CP Rodolfo de las Fuentes Lara      Subdirector Administrativo