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    La idea de desarrollar un grupo de investigación que trabajara sobre aspectos agroalimentarios con un enfoque vanguardista surgió en el Cinvestav del IPN y se debió esencialmente al doctor Manuel Ortega y a su visionaria actitud ante el desarrollo de la ciencia en México. Su idea, en principio, fue compartida con varios investigadores de diversas instituciones, como se describe después, quienes se solidarizaron con el propósito de formar un grupo de investigación en plantas y pronto se abocaron a hacer lo pertinente. Mientras tanto, en el nivel local, la idea fue tomando fuerza con la participación del doctor Alejandro Blanco, quien fungió como coordinador del grupo inicial y luego fue nombrado director de la Unidad Irapuato.
 
    El proyecto original fue motivo de reflexión constante, no sólo había que decidir el perfil científico del grupo de trabajo, sino que había que ser analítico al seleccionar el sitio de la provincia mexicana que más conviniera a los intereses del grupo. De todos los posibles lugares considerados para el establecimiento del “grupo de plantas” (como también se le conocía en aquel entonces), destacó el Bajío, en Guanajuato, porque la vocación del entorno era y sigue siendo fundamentalmente agrícola. la situación actual La Unidad Irapuato ha mantenido su organización académica en dos departamentos: Ingeniería Genética de Plantas y Biotecnología y Bioquímica. Ambos departamentos han reunido esfuerzos y ahora se ofrece, de manera conjunta, un solo programa de estudios, el cual se complementa con cursos optativos seleccionados en función de la orientación del propio estudiante.

    De esta manera, se procura asegurar que el perfil del egresado cumpla con una serie de requerimientos académicos comunes a todos los estudiantes. Este hecho ilustra fundamentalmente la buena disposición de toda la unidad para consolidar la infraestructura humana y física disponible. Durante las diferentes fases de su desarrollo, la Unidad Irapuato ha puesto especial interés en establecer un intenso intercambio académico, tecnológico y científico no sólo con las instituciones de la región, sino también con instituciones nacionales e internacionales, lo que ha permitido mantener una posición de vanguardia en sus áreas de trabajo.

A lo largo de su existencia la Dirección de la unidad ha estado bajo la responsabilidad de:

1981-1990   Dr. Alejandro Blanco Labra
1990-1995   Dr. Ariel Alvarez Morales
1995-1997   Dr. Víctor Villalobos Arámbula
1997-2001   Dr. Octavio Paredes López
2001-2005   Dr. Luis Herrera Estrella
2006-2013   Dr. Rafael Rivera Bustamante

2013-Actual  Dra. Gabriela Olmedo Álvarez