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El logotipo refleja de manera visual el enfoque del Laboratorio Nacional PlanTECC: Ponemos a las plantas en el centro de nuestra atención científica, ya que son los productores primarios que le dan sustento a la vida en nuestro planeta. Sus hojas verdes se extienden hacia arriba como los brazos de dos personas juntas, reflejando un crecimiento y una colaboración mutualística. El color verde, que es distintivo de Cinvestav Irapuato y de la bandera de México, representa la clorofila, el pigmento fotosintético que capta la energía solar para convertir el dióxido de carbono en un sinnúmero de metabolitos y biocompuestos útiles para la nutrición, bienestar y salud humana. Los surcos negros aluden al fertiriego controlado por cintilla, son homogéneos y regulares, proporcionando condiciones óptimas a pesar de los altibajos de la geografía y del clima. El semicírculo gris por encima de la planta refleja las bases de la agricultura protegida, los macrotúneles y los invernaderos, infraestructura que proporciona un ambiente controlado para un mejor desarrollo de las plantas y sus simbiontes. El circulo también simula la vista de un microscopio y telescopio, para la inspección visual de las plantas. El logo PlanTECC contiene la primer sigla de las tres instituciones participantes: Plantas con Tecnología ENES, CIATEJ y CINVESTAV.