Saturday, May 27, 2017
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Dra. Kasia Oktaba
Puesto: Profesora Investigadora
Teléfono: +52 (462) 6239672
Correo electrónico: k.oktaba@cinvestav.mx
Laboratorio de Regulación y Topología del Genoma
 
Formación
 
2011-2016 Estancia posdoctoral, University of California Berkeley (UC Berkeley), Berkeley, CA, EUA, grupo de Mike Levine. 
2008-2011 Estancia posdoctoral, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), Heidelberg, Alemania, grupo de Jürg Müller. 
2004-2008 Doctorado en Ciencias Naturales, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) y
                Ruprecht-Karls-Universität, Heidelberg, Alemania, grupo de Jürg Müller. 
2003-2004 Estancia predoctoral, Institut de Biologie et de Technologies de Saclay, Commissariat à l’Energie Atomique (CEA),
                Gif-sur-Yvette, Francia, grupo de Matthieu Gérard. 
1997-2002 Licenciatura en Biología, Facultad de Ciencias, Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), Ciudad de México, México.
 
Líneas de investigación: 
  • Regulación de la expresión génica
  • Organización topológica del genoma 
Nuestro interés general es entender cómo se regula la expresión de genes en tiempo y espacio durante el desarrollo de organismos multicelulares. Esta regulación depende de la interacción entre secuencias de DNA no codificantes -enhancers- y promotores de genes blanco. A pesar de que los primeros enhancers fueron identificados hace más de tres décadas, la anotación de estas secuencias en el genoma de organismos en desarrollo sigue siendo limitada. Además, aún cuando el contacto entre estas regiones reguladoras y los promotores es esencial para la expresión génica, poco se sabe sobre cómo se dan estas interacciones cromosómicas dentro del espacio nuclear. 
 
El objetivo principal de nuestro laboratorio es identificar enhancers y sus interacciones con promotores para entender cómo se regula la expresión génica en el contexto tridimensional del núcleo durante el desarrollo de animales y plantas. Nos interesa entender los principios que rigen el establecimiento de las interacciones cromosómicas, la contribución de esta organización topológica en la regulación de la transcripción y el impacto que puede tener la alteración de la topología en el origen de enfermedades. Para ello hacemos uso de innovadoras técnicas genómicas y epigenéticas, principalmente en la mosca Drosophila, un modelo ideal para el estudio de programas transcripcionales durante el desarrollo y la enfermedad.
 
 
 
Publicaciones  
  • Oktaba K*, Zhang W*, Lotz TS, Jun DJ, Lemke SB, Ng SP, Esposito E, Levine M, Hilgers V. (2015) ELAV links paused Poll II to alternative polyadenylation in the Drosophila nervous system. Molecular Cell, 57(2): 341-348.
     
  • Gutiérrez L*, Oktaba K*, Scheuermann JC, Gambetta MC, Ly-Hartig N, Müller, J. (2012) The role of the histone H2A ubiquitinase Sce in Polycomb repression. Development, 139(1): 117-127.
     
  • Richter C, Oktaba K, Steinmann J, Müller, J, Knoblich JA. (2011) The tumour suppressor L(3)mbt inhibits neuroepithelial proliferation and acts on insulator elements. Nature Cell Biology, 13(9): 1029-1039
     
  • Scheuermann JC*, de Ayala Alonso AG*, Oktaba K, Ly-Hartig N, McGinty RK, Fraterman S, Wilm M, Muir TW, Müller, J. (2010) Histone H2A deubiquitinase activity of the Polycomb repressive complex PR-DUB. Nature, 465(7295): 243-247. Recomendado por Faculty of 1000
     
  • Gambetta MC, Oktaba K, Müller J. (2009) Essential role of the glycosyltransferase sxc/Ogt in Polycomb repression. Science, 325(5936): 93-96. Recomendado por Faculty of 1000
     
  • Oktaba K*, Gutiérrez L*, Gagneur J, Girardot C, Sengupta AK, Furlong EE, Müller J. (2008) Dynamic regulation by Polycomb group protein complexes controls pattern formation and the cell cycle in Drosophila. Developmental Cell, 15(6): 877-889.
     
  • Valencia C, Bonilla-Delgado J, Oktaba K, Ocádiz-Delgado R, Gariglio P, Covarrubias L. (2008) Human papillomavirus E6/E7 oncogenes promote mouse ear regeneration by increasing the rate of wound re-epithelization and epidermal growth. Journal of Investigative Dermatology, 128(12): 2894-2903.
     
  • Nekrasov M, Klymenko T, Fraterman S, Papp B, Oktaba K, Köcher T, Cohen A, Stunnenberg HG, Wilm M, Müller J. (2007) Pcl-PRC2 is needed to generate high levels of H3-K27 trimethylation at Polycomb target genes. EMBO Journal, 26(18): 4078-4088.